Sesuai PMA Nomor 47 tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Pekalongan, Pasal 41, 42 dan 43 berbunyi :
Pasal 41
Bagian Umum menyelenggarakan fungsi:
a. pelaksanaan penataan organisasi, tata laksana, dan kepegawaian;
b. penyusunan peraturan perundang-undangan;
c. pelaksanaan urusan ketatausahaan dan kearsipan;
d. pelaksanaan hubungan masyarakat, dokumentasi, dan publikasi; serta
e. pelaksanaan kerumahtanggaan, perlengkapan, dan pengelolaan barang milik negara.
Pasal 42
Bagian Umum sebagaimana dimaksud dalam Pasal 39 huruf a terdiri dari:
a. Subbagian Organisasi, Kepegawaian, dan Penyusunan Peraturan; dan
b. Subbagian Tata Usaha, Hubungan Masyarakat, dan Rumah Tangga.
Pasal 43
(1) Subbagian Organisasi, Kepegawaian dan Penyusunan Peraturan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 42 huruf a mempunyai tugas melakukan penataan organisasi, Lata laksana, kepegawaian, dan penyusunan peraturan perundang-undangan.
(2) Subbagian Tata Usaha, Hubungan Masyarakat, dan Rumah Tangga sebagaimana dimaksud dalam Pasal 42 huruf b mempunyai tugas melakukan ketatausahaan, kearsipan, dokumentasi, publikasi, kehumasan, kerumahtanggaan, perlengkapan, dan pengelolaan barang milik negara.